2018. aastal võtab Eesti meistrivõistluste III ja IV liigast osa 71 võistkonda. III liiga on jaotatud neljaks piirkonnaks, igas tsoonis osaleb 12 meeskonda. 23 meeskonnaga IV liiga on jaotatud kolme piirkonda: lõuna, ida/põhi ja lääs/põhi. Neist kahe viimase tsooni koosseis sai selgeks loosi teel.

Kolmandas liigas on uueks võistkonnaks Vändra Vaprus II, nime on muutnud Saue JK (oli Saue JK Laagri), FC Hiiumaa (oli Kärdla Linnameeskond), Põhja-Sakala (oli Suure-Jaani United), Kadrina SK (oli Kadrina SK Moe), FCI Tallinn II (oli FCI Tallinn III) ja JK Väätsa (oli JK Väätsa vald).

Neljanda liigaga on liitunud Maardu United II, Põhja-Tallinna Volta III, FC Tallinn, Märjamaa Kompanii, Paide United, Vaimastvere Illi, Põhja-Sakala II, Tartu Tammeka IV, Tartu Loomaaed, Tartu Welco X ning Tartu Helios II. Lõuna tsoonis on toimunud üks nimemuudatus - senine Jõgeva Wolves II kannab uuest hooajast nime Äksi Wolves.

III liiga:

Põhja tsoon: Tallinna JK Dünamo, Tallinna FC Hell Hunt, JK Retro, Tallinna FC Eston Villa, Rumori Calcio Tallinn, Harju JK Laagri, Saku Sporting, Nõmme Kalju FC III, FC Zenit Tallinn, Tallinna FC TransferWise, Tallinna FC Zapoos, Tallinna KSK FC Štrommi.

Ida tsoon: Viimsi JK II, FCI Tallinn II, JK Väätsa, FC Järva-Jaani, Koeru JK, Ambla Vallameeskond, JK Loo, Anija JK, Tallinna JK Augur, Lasnamäe FC Ajax II, Kadrina SK, Rakvere JK Tarvas II.

Lõuna tsoon: SK Imavere, FC Tarvastu, FC Vastseliina, Viljandi JK Tulevik III, Põhja-Sakala, FC Jõgeva Wolves, EMÜ SK, Valga FC Warrior, Võru FC Helios II, Tartu FC Helios, FC Elva II, Põlva FC Lootos.

Lääne tsoon: Saue JK, Põhja-Tallinna JK Volta II, Lihula JK, FC Hiiumaa, Rummu Dünamo, FC Kose, JK Kernu Kadakas, Haapsalu JK, Kohila Püsivus, Pärnu JK Poseidon II, Keila JK II, Vändra JK Vaprus II.

IV liiga:

Põhi/ida: Tallinna Depoo, Pakri SK Alexela, Maardu United II, Tallinna JK Piraaja II, Põhja-Tallinna JK Volta III, Maarjamäe FC Igiliikur, Tallinna FC Soccernet, FC Tallinn.

Põhi/lääs: FC Lelle, Paide United, Märjamaa Kompanii, Kristiine JK, Tallinna JK Jalgpallihaigla, Tallinna FC Olympic Olybet, FC Toompea, Tallinna FC Reaal.

Lõuna: FC Äksi Wolves, Vaimastvere SK Illi, Põhja-Sakala II, Tartu JK Tammeka IV, Tartu FC Loomaaed, Tartu JK Welco X, Tartu FC Helios II.