Eesti Jalgpalli Liidu (EJL) juhatus kinnitas Meistri- ja Esiliiga klubilise koosseisu aastaks 2007, kuigi kõik klubid peavad uue hooaja eel veel ka litsentseerimise läbima.

EJL-i juhatus otsustas lubada JK Maag Tammekal kasutada sel aastal erandkorras liitnime ja Esiliigas hakkab pallima nende duubelmeeskond JK Maag Tammeka II.

Duublite hulk Esiliigas kasvas seega uueks hooajaks juba kuue peale, mistõttu edasipääsule kõrgseltskonda konkureerivad vaid neli klubi: Valga Warrior, Nõmme Kalju, Tartu Välk 494 ja Sillamäe Kalev.

EJLi juhatus kinnitas uue aasta eel ka klubi nimede eestikeelse kasutamise vormis, kus eespool on kohanimi ja seejärel klubi nimi (nt senise FC Levadia Tallinn asemel Tallinna FC Levadia).

Meistriliiga 2007:

Tallinna FC Levadia
Narva JK Trans
Tallinna FC Flora
Tallinna FC TVMK
Tartu JK Maag Tammeka (tekkis JK Maagi ja JK Tammeka ühinemise tulemusena)
Pärnu JK Vaprus
Lasnamäe FC Ajax
FC Kuressaare (tõusis Esiliigast)
JK Tallinna Kalev (tõusis Esiliigast)
Viljandi JK Tulevik (taastas koha Meistriliigas seoses Tartu klubide ühinemisega)

Esiliiga 2007:

Valga FC Warrior
Tallinna FC Levadia II
Tallinna FC Flora II
Nõmme JK Kalju
Tallinna FC TVMK II
Viljandi JK Tulevik II (taastas koha Esiliigas seoses esindusvõistkonna tõusmisega Meistriliigasse)
Narva JK Trans II
Tartu Välk 494
JK Sillamäe Kalev
Tartu JK Maag Tammeka II (tekkis JK Maagi ja JK Tammeka ühinemise tulemusena).