Meeskondi on kokku 13 eri maakonnast ning asukoha järgi on madalamad liigad jaotatud seetõttu mitmeks piirkonnaks.

III ehk tugevuselt viiendas liigas teeb uuel hooajal kaasa 48 meeskonda, kes on jaotatud nelja 12-liikmelisse piirkonda. Uueks võistkonnaks on Castovanni Eaglesiga ühinenud JK Volta, kes hakkab uuest hooajast meistrivõistlustel pallima Põhja-Tallinna JK Volta nime all. Samuti on nimekuju muutnud Tallinna FCI III (oli Tallinna FC Infonet III), Harju JK võistleb uuel hooajal Harju JK Laagri nime all ning Raplamaa JK Märjamaast saab 2017. aastal Raplamaa JK II.

Põhja tsoonis mängivad uuel hooajal Pirita JK Reliikvia, Tallinna FC Hell Hunt, JK Retro, JK Tallinna Kalev III, Põhja-Tallinna JK Volta, Tallinna FC Eston Villa, Harju JK Laagri, Nõmme Kalju FC III, Tallinna KSK FC Štrommi, Saku Sporting, Kristiine JK ning Rumori Calcio Tallinn.

Ida piirkonnas löövad kaasa Kuusalu JK Rada, Tallinna FCI III, Ambla Vallameeskond, JK Väätsa Vald, FC Järva-Jaani, JK Loo, Koeru JK, Raasiku FC Joker II, Lasnamäe FC Ajax II, Tallinna JK Augur, Tartu FC Helios ning Paide Linnameeskond III.

Lääne piirkonnas hakkavad võidu nimel heitlema FC Kose, Rummu Dünamo, Läänemaa JK Haapsalu, FC Zenit Tallinn, Pärnu JK Poseidon, Lihula JK, Pakri SK Alexela, JK Kernu Kadakas, Trummi SK Kohila, Raplamaa JK II, Kärdla LM ning FC Lelle.

Lõuna tsoonis kuuluvad 12 osaleva meeskonna sekka FC Tarvastu, Vastseliina FC Tannem, EMÜ SK, FC Tartu, Tartu JK Welco II, SK Tääksi, Suure-Jaani United, Tartu Ülikool Fauna, Tartu JK Tammeka U19, FC Jõgeva Wolves, Viljandi JK Tulevik III ning Navi Vutiselts.

IV liigas ehk tugevuselt kuuendas liigas alustavad 2017. aastal uut hooaega mitmed uued võistkonnad: Kohila Püsivus, Jõgeva FC Wolves II, Tõrva JK II, Keila JK II, FCP Pärnu, Võru FC Helios II, Pärnu JK Poseidon II, Kadrina SK Moe, Anija JK, FC Maardu Aliens, Viljandi JK Tulevik IV, Põhja-Tallinna JK Volta II ning Tallinna FC Zapoos. Leivad on ühte kappi pannud FC Majandusmagister ja Tallinna Jalgpalliselts, kes mängivad uuest aastast Tallinna Majandusmagistri Jalgpalliseltsi nime all.

Lõuna tsoonis löövad võistlusel kaasa Põlva FC Lootos, Valga FC Warrior, FC Elva II, Jõgeva FC Wolves II, Tõrva JK II, Võru FC Helios II, FCP Pärnu, Viljandi JK Tulevik IV ning Pärnu JK Poseidon II.
Lisaks on IV liigas nii Põhi/Ida kui ka Põhi/Lääne tsoonid. Mitmed meeskonnad asetati piirkonda asukoha alusel, kuid Eesti Jalgpalli Liidu ruumes toimunud loosimisel said oma vastased teada ka Tallinnas paiknevad võistkonnad.
Põhi/Ida tsoonis mängivad tänavu Rakvere JK Tarvas II, Tallinna Depoo, Kadrina SK Moe, Anija JK, FC Maardu Aliens, Tallinna FC Olympic Olybet, Tallinna FC Zapoos, Tallinna JK Piraaja II ning Tallinna JK Jalgpallihaigla.

Põhi/Lääne tsoonis heitlevad võidu nimel Haapsalu JK, Kohila Püsivus, Keila JK II, Tallinna FC Soccernet, Tallinna FC TransferWise, Tallinna Majandusmagistri Jalgpalliselts (ühinesid Tallinna Jalgpalliseltsiga), Tallinna FC Reaal, Maarjamäe FC Igiliikur, FC Toompea ning Põhja-Tallinna JK Volta II.

Igas tsoonis mängivad vastased teineteisega läbi kodus-võõrsil printsiibil. Hooaja lõpus selgitavad piirkondade võitjad välja nii III kui ka IV liiga võitjad. Madalamate liigade mängudega tehakse algust aprillis.