Eesti naiste jalgpalli meistrivõistlustel mängitakse 2021. aastal kolmel liigatasemel, kui lisaks Meistri- ja Esiliigale saab naiskonna kirja panna Teise liigasse. Registreerimine Meistriliigasse kestab 20. detsembrini ning Esi- ja Teise liigasse kuni 15. jaanuarini.

Naiste Meistriliiga jätkab kaheksa naiskonna osavõtul, kui liigasse on koha teeninud eelmisel hooajal Meistriliiga 1.–6. koha saavutanud võistkonnad, Meistriliiga üleminekumängude võitja ning Esiliiga võitja. Võistluste süsteem jääb samaks, kui esmalt peetakse põhiturniir, kus kõik võistkonnad mängivad omavahel kaks korda läbi ning seejärel peavad tabeli ülemine ja alumine nelik teise kaheringilise turniiri.

Esiliigasse kuulub uuel hooajal samuti kaheksa võistkonda. Nendeks on eelmise hooaja tulemuste põhjal Meistriliiga 8. koht, Meistriliiga üleminekumängude kaotaja ja Esiliigas 3.–8. kohtadele tulnud võistkonnad. Teise liigasse antakse üles kõik ülejäänud soovijad. Juhul kui Teise liigasse ei registreeru piisaval arvul võistkondi, suurendatakse selle arvelt Esiliigas osalevate võistkondade arvu ja Teist liigat ei komplekteerita. Tänavu puuduski II liiga, mille asemel oli Esiliigas 12 naiskonda.

Tänavu lõid naised kaasa ka rahvaliiga tasandil, kui väljakul käis 305 mängijat 17 naiskonna ridades. Rahvaliigas pannakse pall mängu ka järgmisel hooajal ning selle registreerimisinfo avaldab jalgpalliliit hiljem.